Blue Seed » Momiji Fujimiya es una chica perteneciente a una familia de sacerdotes. Una tarde fue atacada en su escuela por un demonio llamado "Aragami" quien se refiere a ella como la princesa Kushinada, cuya sangre serviría para destruir al mundo y darle vida al Dios Susanoo. Sin embargo, es protegida por el agente Daitetsu Kunikida y sus fuerzas del Centro de Administración Terrestre (CAT), especializado en la destrucción de Aragamis financiado por el gobierno y, por Mamoru Kusanagi, un humano con poderes de Aragami que actúa por su cuenta. A partir de ese momento, Momiji se convierte en el blanco de Murakumo, un poderoso Aragami que busca cumplir con el sacrificio de Kushinada, y que involucra también a una hermana perdida de Momiji, que no conocía.